La costruzione del Palazzo Pretorio si rese necessaria quando, nel 1540, il Palazzo del Capitano (Palazzo dell’Arco) venne ceduto alle monache benedettine dell’Annunziata per essere adibito a convento.
L’edificio, nuova sede dell’universitas, stando alle testimonianze, mostrava ancora uno stemma aragonese datato 1512, evidentemente traslato dall’antico palazzo, e due iscrizioni attestanti le fasi dei lavori alla metà del XVI secolo.
Nel Settecento il palazzo cadde in rovina, sicché l’universitas fu costretta a eleggere la propria sede per le riunioni nella chiesa di Sant’Antonio abate al Paniere del Sabato (attuale Piazza Plebiscito) fino alla ricostruzione, decisa nel 1785.
All’angolo sinistro della facciata, è posizionato un cippo con un’epigrafe non più leggibile: si tratta di un elemento di reimpiego, un’iscrizione latina proveniente con grande probabilità da Canne.