Documentata già nel XII secolo con l’intitolazione a santo Stefano, che dette il nome all’intero pittaggio edificato in epoca medievale nella parte orientale della città, la chiesa venne dedicata a San Ruggero dopo l’Unità d’Italia. L’edificio testimonia lo stretto legame che intercorre tra Barletta e la città di Canne, evidente anche nella costruzione del borgo dove sorse la chiesa di San Giacomo, che accolse i profughi di quella città.
Secondo la tradizione, le spoglie del santo vescovo di Canne vennero traslate nella chiesa barlettana nel 1267 e il culto dovette intensificarsi ulteriormente con l’abbattimento della chiesa medievale che gli era dedicata.
Nel corso del Cinquecento, infatti, si ha notizia della commissione da parte di Rodrigo Luxano di una sepoltura che potesse accogliere le spoglie di San Ruggero. Nel XVIII secolo, dopo una fase di ristrutturazione, il corpo del santo venne spostato sotto l’altare maggiore.
Dell’impianto di epoca moderna resta molto poco, come il soffitto a cassettoni, alcune lastre tombali e le iscrizioni che ricordano la traslazione delle reliquie del vescovo di Canne. Dal punto di vista architettonico, riveste un certo interesse la facciata, decorata a bugnato rustico nella parte bassa, nella quale si apre un portale ornato con motivi vegetali (XIII secolo).